Вскоре после прилета начинаются брачные игры, во время которых селезень запрокидывает голову на спину, резким движением наклоняет ее вниз, а иногда приподнимается на воде, взмахивая крыльями. Гнезда устраиваются поблизости от воды - на берегу, на островках, на плавучих сплавнинах или на кучах плавающего в воде тростника. Как только гнездо построено, самка приступает к откладыванию яиц. В полной кладке бывает от 6 до 13 крупных яиц грязно-оливкового цвета. Размеры яиц: 53-65 X 37-47 мм. Самка сидит на гнезде в течение 23-25 дней. Самец никакого участия в насиживании яиц и воспитании птенцов не принимает и через некоторое время после окончания кладки покидает район гнезда. Начинает гнездиться хохлатая чернеть довольно поздно. Откладывание яиц наблюдается в конце мая - в июне, пуховые птенцы появляются во второй половине июня - в июле. Вылупившиеся из яиц пуховые птенцы проводят в гнезде менее суток и, обсохнув, под водительством матери спускаются на воду. Они почти сразу же способны нырять. Птенцы уже в самом раннем возрасте весьма умело затаиваются среди надводной растительности, свесившихся над водой тальников или среди их корней, и распластавшегося утенка заметить бывает очень трудно; при малейшей возможности они, ныряя, уходят в более безопасное место. При опасности самка стремится отвести выводок на открытую воду, а сама, поднявшись в воздух, с кряканьем начинает летать, отвлекая внимание врага на себя. Выводок держится вместе до того момента, пока молодые не оперятся и не поднимутся на крыло. Вскоре после этого выводки начинают объединяться в стайки, что в разных районах ареала наблюдается в разные числа августа.

Селезни хохлатой чернети линяют дважды в год: полностью летом и частично осенью; у самок летняя линька тоже неполная. После подъема на крыло молодых и окончания линьки взрослых уток начинается подготовка к осеннему отлету. Осенний отлет начинается сравнительно поздно, в северных частях в первой половине сентября, в южных в конце сентября - первой половине октября. Продолжается он долго и полностью заканчивается к ноябрю. Хохлатая чернеть почти исключительно животноядная утка. Питается преимущественно моллюсками, в меньшей мере личинками насекомых (хирономид, стрекоз и др.), водными ракообразными и мелкой рыбешкой. Растительные корма потребляются лишь в незначительном количестве как примесь к животным или при недостатке пищи. Хотя качество мяса хохлатой чернети заметно ниже, чем речных уток и красноголового нырка, тем не менее ее значение как объекта охоты велико. Кроме того, хохлатая чернеть не боится соседства человека, нередко гнездится в населенных пунктах и с успехом может быть использована для заселения водоемов пригородной зоны больших городов в декоративных целях.